電子カルテ導入費用の相場はいくら?運用コストを抑える方法も

更新日 2025.10.09
投稿者:豊田 裕史

クリニックでは一般的になりつつある電子カルテですが、導入費用や価格がわからず二の足を踏んでいる方もいるのではないでしょうか。

電子カルテの新規導入を考えるにあたり、「どのくらいの価格相場なのか情報が少なく分からない」とお悩みの方を対象にしています。

この記事でわかること
  • 電子カルテの価格相場
  • 主要電子カルテメーカーの初期費用/月額費用
  • 電子カルテの導入費用が決まるポイント
  • 電子カルテ導入に活用できる補助金

実績のあるおすすめ電子カルテメーカーも紹介しているので、検討の参考にしていただければ幸いです。

価格だけでなく複数の観点で電子カルテを比較したい方は【2023最新】電子カルテ徹底比較|選び方やおすすめメーカーまででも詳しく解説しています。ぜひ参考にしてください。

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目次

【はじめに】電子カルテの価格相場は300万程度

クラウド型とオンプレミス型の費用

ここでは、電子カルテの導入費用や相場観について詳しく解説します。電子カルテの導入費用を考える際、以下の3種類に分けて考えることができます。

  • 電子カルテシステムの初期費用
  • 電子カルテシステムの月額費用
  • システム以外で必要なコスト

この分類に沿って電子カルテの導入費用を細分化し、説明していきます。電子カルテ導入に必要な費用を合計すると、おおよその費用相場は300万円です。クラウド型の電子カルテで100万~200万円、オンプレミス型の場合は250万~400万円程度が相場になっています。また、レセコン一体型の場合は450万円前後まで相場があがります。

電子カルテシステムの初期費用・月額費用は?

電子カルテには、インターネット上のサーバーにアクセスして情報を管理する「クラウド型」と、院内にサーバーを設置する「オンプレミス型」の運用があります。「クラウド型」は「初期費用+月額費用」、「オンプレミス型」は「初期費用+月額(年額)の保守費用」の料金体系が一般的です。

電子カルテは医療機関に応じた設定が必要なため料金が公開されていないケースがほとんどですが、料金形態が明確な製品もあります。たとえば、ダイナミクスの電子カルテは初期費用22万円、月額使用料11000円と明確です。導入時インストラクション44000円、データ移行支援55000円などオプション項目の費用も明示してあるため、他者製品と比較する際は、ひとつの目安になるでしょう。

また電子カルテには特定の診療科に特化した電子カルテ(診療科特化型電子カルテ)と、全ての診療科で利用できる汎用的な電子カルテ(汎用型電子カルテ)があります。診療科特化型の電子カルテには診療科特有の業務をカバーできる便利な機能が搭載されていますが、汎用型電子カルテよりも高価になることが多いです。

>>電子カルテの価格を決める内訳を知りたい方はこちら

主要な電子カルテの価格一覧表

主要な電子カルテの価格をメーカーHPやIT導入補助金サイトを参考に一覧にまとめました。初期費用と月額費用に加え、導入時の価格に関係してくる項目も一覧で紹介しているので、参考にしてみてください。

※初期費用は各メーカーの標準販売価格(定価)から確認できた情報を記載しています。付属品や保証範囲などで変動がある点はご了承ください。

製品名 お問い合わせ 初期費用 月額費用 システム形態 レセコン
エムスリーデジカル株式会社エムスリーデジカル
お問い合わせ
0円 [レセコン一体型]
24,800円~/月
[ORCA連動型]
11,800円~/月
クラウド 一体型
連動型
ウィーメックス株式会社Medicom クラウドカルテ
お問い合わせ
0円 24,280円 クラウド 一体型
セコム医療システム株式会社セコムOWEL
お問い合わせ
要お問い合わせ 要お問い合わせ クラウド 連動型
株式会社DonutsCLIUS(クリアス) 200,000円~ 12,000円~
(※ID数が6つ以降は別途料金発生)
クラウド 連動型
株式会社ダイナミクスDynamicsダイナミクス 222,000円(税込)※その他オプションあり 13,200円(税込)~ オンプレミス型 一体型
株式会社ユヤマBrainBox CloudⅡ 要お問い合わせ
357,200円(1ライセンス)
要お問い合わせ クラウド 一体型
株式会社ビー・エム・エルQualis Cloud 要お問い合わせ 要お問い合わせ クラウド 一体型
株式会社メドレーCLINICSカルテ 要お問い合わせ 要お問い合わせ クラウド 一体型

おすすめ電子カルテ9選

電子カルテの初期費用や月額費用などの基本情報を比較していきます。

エムスリーデジカル|エムスリーデジカル株式会社

エムスリーデジカル株式会社

出典:エムスリーデジカル https://digikar.co.jp/

エムスリーデジカルは、多くのクリニックから支持されているクラウド型電子カルテです。レセコン一体型と分離型を選ぶことができるだけでなく、月額費用がリーズナブルな点も魅力です。 ORCA連動型プランは月額11,800円~、レセコン一体型プランは24,800円~で利用可能です。充実の機能でありながらリーズナブルな価格帯です。


エムスリーデジカルの比較ポイント
  • AI自動学習機能を搭載し、入力時間を80%削減
  • 信頼のエムスリーブランド
  • 訪問と電話でのサポート体制が充実している

製品情報

基本月額 レセコン一体型プラン:24,800円
ORCA連動型プラン:月額11,800円
初期費用 0円~
提供形態 クラウド型
レセコン 一体型・分離型(各院の状況に応じて対応)
連携可能範囲 要問い合わせ
推奨環境
  • OS:Windows 10以上、macOS 11 Big Sur以上、Linux Ubuntu18.04以上(64bit)、iPadOS 16以上、Android
  • OS ※Google Chromeがインストール可能な端末
  • CPU:2018 年以降に発売されたIntelまたはAMDのCPU (Windows)、Apple Silicon (macOS)
  • メモリ:8GB(ギガバイト)以上
  • モニタ解像度:1920 x 1080ピクセル以上
  • 対応ブラウザ:Google Chrome 最新版 ※iPadの場合のみSafari最新版
  • インターネット環境:常時接続ブロードバンド(回線速度実測値:30Mbps以上)
  • サポート体制 コールセンター、リモートメンテナンス

    エムスリーデジカルについてはM3デジカルの口コミ・評判は?価格やメリット・デメリットを解説でも詳しく解説しています。ぜひ参考にしてください。

    Medicom クラウドカルテ|ウィーメックス株式会社

    ウィーメックス株式会社

    出典:Medicom クラウドカルテ https://www.phchd.com/jp/medicom/clinics/medicom-cloud

    Medicom クラウドカルテは、オンプレの使いやすさはそのままに、シンプルなUIや高度な算定支援機能が特徴のクラウド型電子カルテです。カルテに入力された内容をもとに、自動的に算定可能な項目を抽出するAI自動算定機能を搭載。50年以上のレセコン開発の歴史を持つメディコムだからこそ実現できる独自の算定支援機能です。月額費用24,800円(税込:27,280円)で利用可能です。

    Medicom クラウドカルテの比較ポイント
    • ンプレの使いやすさを完全クラウドで実現
    • AI自動算定機能が算定漏れを防止
    • 全国157のサポート拠点

    製品情報

    基本月額 月額24,800円(税込:27,280円)
    初期費用 0円
    提供形態 クラウド
    レセコン 一体型
    連携可能範囲 PACS、検査機器、予約・再来受付システムなど
    推奨環境 要問い合わせ
    サポート体制 リモートサポート対応、全国157拠点にサポート体制

    メディコムの電子カルテについてはメディコムの電子カルテ「Medicom-HRf Hybrid Cloud」の口コミ・評判は?でも詳しく解説しています。ぜひ参考にしてください。

    セコムOWEL|セコム医療システム

    セコム医療システム(セコムOWEL)

    出典:セコム医療システム株式会社 https://medical.secom.co.jp/it/karte/secomowel/

    セコムOWELは、通常の外来診療だけでなく、在宅・訪問診療を実施している医療機関に人気です。今後、訪問診療の展開を考えているクリニックなどでも活用することができます。

    警備で知名度のあるセコムだけあって、安全性の高いデータセンターでデータを管理しているので安心です。

    セコムOWELの比較ポイント
    • 防犯に強いセコムならではのセキュリティ対策
    • シンプルな操作性と画面構成でパソコン慣れしていない方でも安心
    • 1ヶ月の無料体験が可能

    製品情報

    製品名 セコムOWEL
    システムの種類 クラウド型
    レセコンの種類 分離型
    対応OS Windows・Mac・iPad/iPhone・Android
    対象施設 在宅クリニック、無床診療所
    月額料金 要お問合せ
    初期費用 要お問合せ

    Dynamics|ダイナミクス

    ダイナミクス

    出典:株式会社ダイナミクス https://www.superdyn.jp/

    ダイナミクスの特徴は「ユーザーコミュニティ」機能です。クリニックの経営にまつわる情報等を入手できるメーリングリストに参加することができ、電子カルテ利用に伴う不安を解消することができます。

    Dynamicsの比較ポイント
    • 4000以上のクリニックでの導入実績
    • 地域のサポート業者による訪問サポート
    • 圧倒的なコストパフォーマンス

    製品情報

    製品名 Dynamics
    システムの種類 オンプレミス型
    レセコンの種類 一体型
    対応OS Windows 10 Pro
    対象施設 無床診療所
    月額料金 13,200円(税込)~
    初期費用 222,000円(税込)※その他オプションあり

    ■導入時オプション

    導入時
    インストラクション
    44,000円(交通費別)
    スタート支援パック
    <2日間コース>
    121,000円(交通費別)
    スタート支援パック
    <3日間コース>
    176,000円(交通費別)
    データ移行①
    ※移行対象:レセプトの患者保険情報・病名・薬・検査
    33,000円(3ヶ月分)~ ※6か月分無料キャンペーン中
    データ移行②
    ※移行対象:全患者の保険情報
    55,000円(1000患者)~
    データ移行③
    ※移行対象:PDF・検査画像・デジカメ写真等
    無料

    ■有料オプション

    自治体総括表 月額1,100円
    労災・自賠責対応 月額1,100~3,300円
    有床診療所対応 月額5,500~11,000円
    他社機器・ソフト連携 無料~55,000円
    処方箋二次元バーコード 220,000円 ※薬局支払可
    連動型写真付き薬情印刷システム 定価59,400円 → 特別価格53,020円

    ダイナミクスの電子カルテについては電子カルテ「ダイナミクス(Ⅾynamics)」の評判・メリット・デメリットは?でも詳しく解説しています。ぜひ参考にしてください。

    CLIUS|DONUTS

    DONUTS(CLIUS)

    出典:株式会社DONUTS https://clius.jp/

    CLIUSに搭載されたAI自動学習機能により、よく使う処方やセット、SOAPをランキング表示してくれるので、診療をスムーズに行えます。月額12000円で利用でき、最小限の機能で十分という先生にとっては良い選択肢となるでしょう。

    開発元のDONUTSは、ゲームや勤怠管理システムなど多様な事業を行っているベンチャー企業です。

    CLIUSの比較ポイント
    • 操作方法で迷わない圧倒的な使いやすさ
    • ORCAとの連動もスムーズ
    • 遠隔サポートで万が一のトラブル時も安心

    製品情報

    製品名 CLIUS
    システムの種類 クラウド型
    レセコンの種類 要問合せ
    対応OS Windows 10 Pro(64bit)、Windows 11 Pro(64bit)、macOS 10.14 Mojave 以降(64bit)
    対象施設 クリニック、病院
    月額料金 12,000円
    初期費用 200,000円〜

    BrainBox CloudⅡ|株式会社ユヤマ

    株式会社ユヤマ

    出典:BrainBox CloudⅡ https://www.yuyama.co.jp/product/products/karte.html

    BrainBox CloudⅡには、AIによるWEB問診機能「BB問診」が搭載されています。患者様が診察前に回答した問診内容を電子カルテ上に自動で転記可能。情報漏れを防ぎ、事務処理を効率化することができます。

    電子カルテに蓄積されたデータをAIによって分析・予測する「BB.INSIGHT」で、自院のデータを見える化できます。

    BrainBox CloudⅡの比較ポイント
    • AIによるWEB問診機能で業務を効率化
    • 自院のデータを見える化して経営を支援
    • インストール不要のWEBカルテアプリケーション

    製品情報

    基本月額 要お問い合わせ
    初期費用 要お問い合わせ
    提供形態 クラウド
    レセコン 一体型
    連携可能範囲 医療機器、検査会社とのオーダー連携など
    推奨環境 Windows
    サポート体制 リモートメンテナンス対応

    ユヤマの電子カルテについてはユヤマの電子カルテBrainBoxシリーズの口コミ・評判は?でも詳しく解説しています。ぜひ参考にしてください。

    Qualis Cloud(クオリスクラウド)|株式会社ビー・エム・エル

    株式会社ビー・エム・エル

    出典:Qualis Cloud http://qualis.bml.co.jp/qualis_cloud.html

    Qualis Cloudはクラウド型の電子カルテですが、他のクラウド型電子カルテに比べてカスタマイズ性に優れており、利用する先生に合わせて自由度の高いカスタマイズを施すことが可能です。

    音声入力システムにも対応しており、これまで手動で入力していた内容を音声にて入力することが可能です。 検査事業を行っているビー・エム・エルならではの機能として外部委託検査会社からの検査結果情報を自動でカルテに反映させることができます。これにより検査結果の確認を時間を要さずに行うことができます。

    全国に営業拠点があるため、万が一のトラブル発生時も即座に対応が可能となっており、安心して利用できます。

    Qualis Cloudの比較ポイント
    • 一目でわかる画面デザイン
    • 検査会社への依頼や結果の取り込みをオンライン化できる
    • オプション利用で音声によるカルテ入力が可能

    製品情報

    基本月額 要お問い合わせ
    初期費用 要お問い合わせ
    提供形態 クラウド型
    レセコン 一体型
    連携可能範囲 要問い合わせ
    推奨環境 要問い合わせ
    サポート体制 リモート対応、オンラインでのサポート

    BMLの電子カルテについてはBMLの電子カルテ「Qualis Cloud(クオリスクラウド)」の口コミ・評判は?でも詳しく解説しています。ぜひ参考にしてください。

    CLINICS|メドレー

    株式会社メドレー

    出典:株式会社メドレー https://clinics-cloud.com/

    クラウド型電子カルテCLINICSは、予約・問診・オンライン診療などの機能を一体化できるシステムです。電子カルテのみで運用することもできますが、さまざま拡張させることができます。院内のICT化を進める流れが止まることはなく、基盤をつくっておく意味で導入しても良いでしょう。

    CLINICSの比較ポイント
    • 快適な操作性を実現したユーザーインターフェース
    • 充実した各種連携機能で、業務効率の向上が可能
    • オンラインと往訪サポートを用意

    製品情報

    製品名 CLINICS
    システムの種類 クラウド型
    レセコンの種類 要お問い合わせ
    対応OS Windows、Mac
    対象施設 クリニック
    月額料金 要お問い合わせ
    初期費用 要お問い合わせ

    電子カルテの導入費用が決まるポイント

    電子カルテは、システム形態によって導入費用に大きく差が出ます。ここでは、電子カルテの導入費用が決まるポイントを5つに絞って紹介するので、それぞれのポイントをしっかりとおさえましょう。

    クラウド型かオンプレミス型か

    電子カルテにはクラウド型とオンプレミス型があります。クラウド型は院内にサーバーを設置する必要がないため、導入費用を抑えられます。クラウド型は、基本的にネットワーク環境さえあればパソコンやタブレットで使用可能です。一方、オンプレミス型はサーバーやソフトウェアを自院に設置して運用するので、そのぶん導入費用が高額になります。セキュリティ面の安全性は高いですが、コスト面の負担が大きいです。

    レセコン一体型か

    レセコン一体型と分離型

    電子カルテには、レセコン一体型と既存のレセコンと連携させるタイプがあります。電子カルテは、レセコンと連携して業務効率を向上させることが可能です。

    一体型は、電子カルテとレセコンを同時に導入できるので互換性を気にする必要がなく、設定にかかる手間もかかりません。ただし、導入費用は高くなります。一方、既存のレセコンと連携させるタイプの場合、一体型より導入費用を安く抑えることが可能です。 既存のレセコンと連携できるか否かは、事前に確認しておかなければなりません。また、設定に関しても煩雑になるので、そのあたりも考慮した上で導入する必要があります。

    レセコン一体型の電子カルテについてはレセコン一体型電子カルテとは?分離型との違いやおすすめ製品などでも詳しく解説しています。

    パソコンなどの周辺機器費用

    電子カルテを導入する際は、さまざまな周辺機器(ハードウェア)が必要です。パソコンはもちろん、プリンターやスキャナーの他、利便性を向上させるためにタブレット端末が必要になるケースもあります。周辺機器に必要なスペックは電子カルテによって異なるので、事前に確認しておいたほうがいいでしょう。

    他システムとの連携費用

    医療機関では、さまざまな装置や医療機器を使用します。これらを電子カルテと連携すれば、さらに利便性や業務効率を上げることが可能です。ただし、連携する場合、電子カルテメーカーと各システムや機器のメーカーの両方で費用がかかります。導入費用の他に連携費用も加算されるので、そのあたりも考慮する必要があるでしょう。

    ライセンス数

    電子カルテにおけるライセンスとは、使用する電子カルテにログインできる人数やPCの台数のことです。ライセンス数が増えれば増えるほど、費用が高くなります。特に、大規模な医療機関はライセンス数が多くなるので、そのぶん費用を割かなければなりません。

    ライセンス数には3種類あります。

    • クライアントライセンス:パソコンの台数
    • ユーザーライセンス:利用人数
    • 利用人数や病床規模別のライセンス:料金体系が数段階ある

    このようなライセンス形態は主にクラウド型で採用されています。導入コストを抑えたい場合はクライアントライセンスかユーザーライセンスを採用している製品を選ぶのがおすすめです。

    カスタマイズの有無

    電子カルテのなかには、より利便性を向上させるために、自院での運用に適した仕様にカスタマイズできるものがあります。たとえば、記入項目の追加やフォーマットの変更などが可能です。しかし、通常の導入費用に加えてカスタマイズにかかる費用が追加されるので、全体的なコストは高くなります。

    サポート体制の有無

    電子カルテの導入は、サポートをつけるか否かで費用が変動します。導入前や導入後のサポートがあれば、専門スタッフが対応してくれるので、万が一トラブルが発生しても迅速な解決が可能です。自力で解決しようとすると、かえって時間や手間がかかってしまう場合があるので、サポートは受けたほうがいいでしょう。

    電子カルテのサポート体制については電子カルテのサポート体制は確認必須!比較したいポイント等を解説 でも詳しく解説しています。

    電子カルテの導入費用を抑える方法

    ここでは、電子カルテの導入・運用において費用を抑えるためのポイントを紹介します。導入コストや運用コストを抑えるために重要な部分なので、参考にしてみてください。

    相見積もりをとる

    電子カルテの導入を検討する際は、複数のメーカーから相見積もりをとるようにしましょう。複数メーカーから見積もりをとり、もっとも費用対効果が高い電子カルテを選ぶようにすれば無駄なコストをかけずに済みます。見積もり依頼をするときは、電子カルテの導入費用だけではなく運用コストや周辺機器の費用も含めた総コストを算出してもらったほうが、全体的な費用を把握しやすいです。

    トータルコストで比較する

    それぞれのメーカーの電子カルテを比較する際は、システムの初期費用だけではなく月額費用や周辺機器などにかかる費用も含めた総コストで検討することが大切です。年間でどのくらいの費用がかかるのか、5年間使ったとしたら合計でいくらかかるのかなど、事前に把握するようにしましょう。

    補助金を活用する

    電子カルテは導入の際に補助金を利用すればコストを抑えて導入可能です。電子カルテの導入にはIT導入補助金が活用できます。IT導入補助金以外にも自治体やタイミングによっては活用できる補助金がありますので、自治体や厚労省等の情報を定期的に確認するようにしましょう。

    電子カルテ導入に活用できる補助金

    ここでは電子カルテの導入に活用できるIT導入補助金について、もう少し詳しくみていきましょう。

    IT導入補助金を活用できる医療機関は?

    IT導入補助金は事業者がITツールを導入する際に活用できる補助金です。補助対象となる医療機関は下記の通りです。多くの診療所・クリニックで利用できる補助金になりますが、まだ開業をしていないクリニックは対象外となるため注意が必要です。

    • 医療法人・社会福祉法人:常時使用する従業員の数が300人以下の者
    • その他の業種:資本金の額又は出資の総額が3億円以下の会社又は常時使用する従業員の数が300人以下の会社及び個人事業主

    出典:IT導入補助金2025 公募要領

    IT導入補助金の対象となる電子カルテは?

    IT導入補助金を活用できるのは、IT導入支援事業者(ベンダーあるいは販売店)が登録している「ITツール」のみです。全ての電子カルテがIT導入補助金の対象となる訳ではありません。IT導入補助金の対象となる電子カルテについては、IT導入補助金の公式サイト「IT導入支援事業者・ITツール検索」より調べることが出来ますので、気になる製品がある方はチェックしてみましょう。

    電子カルテ導入に活用できる補助金については電子カルテ導入に活用できる補助金は?詳細や申請方法を徹底解説でも詳しく解説しています。具体的な補助額や申請方法等も紹介しているので、ぜひご一読ください。

    電子カルテの費用対効果

    電子カルテを導入した場合の費用対効果を、明確に数値で示すことは困難です。

    あえて言うとすれば、費用対効果が最大になるように電子カルテを使えるかどうかがカギになるでしょう。電子カルテで業務効率化が期待できるのは、院内での情報共有スピード向上、レセコンとカルテの両方を記載する時間の短縮など多岐にわたります。

    一方で、紙カルテから電子カルテへの切り替えを考えている場合、電子カルテに慣れるまでの数か月間は、業務効率が悪くなる可能性もあるでしょう。ただ、運用を変えるにあたって、多少の苦労はどうしても必要になってきます。

    費用対効果が分からず電子カルテ導入を迷っている場合は、「費用対効果を最大限にするためにはどうしたらよいか」という前向きな視点で考えるのが良いでしょう。

    電子カルテについてよくある質問

    ここからは、電子カルテについてよくある質問とその回答をご紹介します。

    電子カルテが普及しない理由は?

    電子カルテが普及しない理由は、大まかに以下の3つに分類できます。

    • 紙カルテの運用に慣れており、PCでカルテを記載することへの抵抗がある
    • 100万円以上の初期費用をかけてまで導入しようと思えない
    • モニターばかりを見るようになり、患者の表情を見なくなるという懸念

    診療スピードが一時的に低下することへの懸念や、初期投資をかけることへの不安感が大きいようです。

    電子カルテの普及率は徐々に増えていますが、約半数のクリニックが電子カルテを導入していないという国のデータがあります。ITツールへの抵抗が少ない世代が増えるにつれ、電子カルテの普及率は高まっていくでしょう。ただ、上述した理由から、今後数年で急速に電子カルテが普及するとは考えにくいです。

    出典:電子カルテシステム等の普及状況の推移

    電子カルテが普及しない理由については電子カルテの普及率は?|普及しない理由やシェア率まででも詳しく解説しています。ぜひ参考にしてください。

    電子カルテを使うためにランニングコストはかかるの?

    電子カルテの価格を調べようにも、各メーカーが価格を公開していないケースが多いです。結論を言うと、どの電子カルテを選んでも、月額のランニングコストは発生します。メーカーによって違いはありますが、1万円~35000円程度と想定しておくと良いでしょう。

    「業者にうまく言いくるめられて高額な費用になってしまうのでは」「足元を見て高額な請求をされるのでは」といった不安を感じる先生がいても不思議ではありません。上記の価格を理解しておけば、業者に言いくるめられることなく話ができるでしょう。

    まとめ

    電子カルテの導入には、さまざまな費用がかかります。導入後も運用コストが発生するので、そのあたりも考慮して自院のニーズや予算にマッチした電子カルテを選ぶようにしましょう。今回の記事で紹介した電子カルテの価格相場やコストを抑えるための方法を参考に、自院での電子カルテ導入を検討してみてください。

    電子カルテ選びでお困りではありませんか?
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    中小企業診断士
    セカンドラボ株式会社 PR Solution Div.
    URL:https://note.com/2ndlabo/n/n949eaa3e9d69

    北海道大学を卒業後、医療機器の営業として6年間勤務。外科、整形外科、泌尿器科領域を中心に民間・国公立の病院を担当。2020年よりセカンドラボ株式会社に入社。医療福祉施設の課題解決プラットフォーム「2ndLabo」にて各種ITツール、医療機器の導入支援、クリニック開業支援に従事。

    2ndLaboのサービスを通じて、これまで1,000件を超えるサービス導入支援・開業支援を担当。得意分野は、電子カルテ、介護ソフト、各種医療機器。

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